І'Козакам було пожалуване місто Трахтемирів. М. Грабянка у своєму літопису свідчить: «Той же король Баторій опроч давнєго старинного града складового Чигирина дал низовим козакам в пристанище град Терехтемиров з монастырем, да во время зими тамо всєгда перебувають, і в год платил їм по червоному і по кожуху; і сим козаки бяху надовзі довольні і многія брані імяху з татари на землі, а з турки на морі, обаче всєгда побіждаху їх». Козаки, однак, продовжували жити за своїми традиційними правилами, а запорозький Низ, як і раніше, вважався місцем, куди збігалися невдоволені.

Слід зазначити, що король, поділяючи козаків на реестрових і нереєстрових, переслідував певну мету: щоб з часом лише внесені до реєстру залишалися козаками, а решта стала б кріпаками чи потрапила під владу королівських старост. Та й реєстрові козаки, що отримували гроші від короля, ставали насправді найманим військом Речі Посполитої.

Все це породжувало невдоволення серед козацтва. До того ж реєстрові козаки за настійними вимогами польської шляхти не допускалися ані до виборів короля, ані до участі у польському сеймі.

Однак Стефан Баторій всілякими дрібними уступками умів угамовувати невдоволення козацтва. Він збудув,ав нову гетьманську резиденцію — м. Батурин і також передав його козакам, щоб у ньому, як визначено королівською грамотою, «відправляти діла свої до звичаю у новоствореному граді нашому Батурині, а як треба буде, то — у Черкасах, також і Гетьманові руському правити в тім місті, а у Черкасах мати намісника свого з Генералітету військового, який ми значно розширили, і забезпечити, умноживши й класи товариства Бунчукового, Військового та Значкового, котрим поміщатися під бунчуком та при полкових хоругвах...»

Щоб піднести престиж військовйї старшини й вирізнити її поміж інших, Баторій, як нагороду, запроваджує у полках та сотнях три ступені «військових товаришів»: товариша бунчукового, чин якого дорівнював полковому обозному, у воєнний час він перебував при клейнодах; товариша військового, чин якого дорівнював сотнику, перебував у штаті гетьмана, виконував доручення генеральної канцелярії; значкового товариша, з якого виходили у військові, перебував при полковому знамені. Всі вонимали від гетьмана універсали та особливо ним відзначалися.

Це підтверджує й літопис Самійла Величка: «...єгда сіде на маєстаті королевства Польського Стефан Баторій, князь Трансільванський, воєвода седмигродський, муж в кроніках великое з рицерства залеценє міючий і в рицерських людєх вкохаючийся, тогди, устроївши в Польщі войська платнії (яких пред тим не бувало) назвал їх кварціяльними. Єгда же зараз потом і в козаках дніпронизових, яко овцях, постиря неімущих, устроїл чин, к воїнському управленію потребний, позволивши їх подлуг старожитних і древнійіших обичаїв между собою іміти не только менших начальников, но і найбільшого воєвождя — гетьмана, і надал їм во владініє для гетьманськой резиденції і для войськових всяких запасов і прибіжища над Дніпром город Терехтемиров, зо всім его уїздом (що і Твардовський в часті первой книги своєй, «Война Домова» названой, свідетєльствуєт), ствердивши тоє войську запорозькому і грамотою своєю королєвською».

Так формувалася військова козацька верхівка, яка була досить віддалена від простого народу і ревно служила гетьману, наставленому королем. Ось чому вона не раз виконувала доручення короля «приборкати запорожців та утримати їх від нападів на ханські володіння». Король у той час бажав замиритися з ханом. Але з того нічого не вийшло. Саме з цим пов'язаний похід гетьмана Богданка проти кримчаків у 1576 р.

Тоді козаки підійшли й оточили Аслан-город, який вважався досить міцною фортецею. Щоб пробити товсті мури, Ружинський повелів зробити підкоп і закласти досить сильну міну. Але, як стверджується в скарбових записах, міна ібухнула так невдало, що уразила самих козаків і серед них Ружинського. Він і загинув при тім вибуху, викликавши «рясні сльози тамошніх країв».

Так трагічно скінчилося життя героїчного гетьмана, котрий вписав ще одну славну сторінку до історії України. Наприкінці цієї розповіді можна додати, що, починаючи саме з Ружинського, козацькі ватажки почали ділитися на гетьманів реєстрового і гетьманів запорозького козацтва. Хоча ця грань поділу часто буде умовною. Іноді за гетьманами реєстрового козацтва підуть козаки-запорожці, а до гетьманів, обраних на Запорожжі, пристануть і козаки-реєстровики.