У березні 1706 р. в Білорусії чернець передав Мазепі шифроване послання близької довіреної особи княжни Дольської, в якому повідомлялося, що Карл XII направив гетьману свого листа. Через деякий час, уже в Києві, Мазепа одержав нового листа, де повідомлялося, що шведський король обіцяє підтримати Мазепу на Волині, й він може розраховувати на всю шведську армію, отже, гетьман може приступати до виконання свого плану. Незабаром йому буде надісланий договір за підписом Карла XII й Станіслава Лєщинського.

4 липня до Києва приїхав цар з Меншиковим. Розійшлася чутка, що Карл XII іде на Україну. Цар наказав своєму улюбленцю підготувати для відсічі кінноту, а Мазепу поставив під його командування. Володар України відчув себе ображеним, приниженим і скривдженим. Меншиков, якого цар нагородив титулом князя, прагнув стати українським гетьманом. Проте Мазепа не виявив своїх почуттів, і цар та Меншиков продовжували вважати гетьмана «одиноким серед старшин вірним цареві».

Під час бенкету Меншиков напідпитку завів розмову з Мазепою про те, що оскільки царські війська в Києві, нарешті слід розправитися з «нашими ворогами», маючи на увазі старшину. Мазепа відповів, що «небезпечно починати нову війну, внутрішню, поки не покінчили із зовнішніми ворогами», але зробив так, щоб присутня старшина чула цю розмову. Потім гетьман своїм старшинам сказав: «Скрізь проливаємо свою кров — у Лівонії, Польщі, Литві, в Криму, Туреччині. Й навіщо? Вся ваша нагорода — це образи, приниження, а тепер хотять нам ще забрати останки нашої свободи... Господи, змилуйся над нами, не дай їм виконати наміченого плану». Це був натяк, але старшина вже впевнилась, що їхній гетьман противник царської політики в Україні, яка викликала чимраз більше нарікань та обурення серед усього українського народу.

Будівництво Київської фортеці влітку 1706 р., започатковане Петром І у зв'язку зі згадуваним спрямуванням шведських військ в Україну, обернулося рабською працею, знущанням, бідою не тільки для козацтва, а й для міщанства, особливо ж для селян, яких силоміць гнали на землекопні роботи. До Мазепи один за одним приходили полковники й уже відверто закликали до визвольних дій. Миргородський полковник Данило Апостол казав: «Очі всього народу звернені до тебе, гетьмане. Цей нарід вірить у тебе. Нехай Господь береже тебе перед смертю, щоби ти не залишив нас у неволі». Полковник Горленко додав: «Як ми щодня молимось за спокій душі Хмельницького і звеличуємо його ім'я за те, що визволив Україну з ляцького ярма, так і, навпаки, проклинатимемо ми й наші діти довіки тебе й твої кості, коли ти нас за свого гетьманування після смерті своєї у такій неволі залишиш».

Одного разу Мазепа зібрав полковників і доручив генеральному писарю, який був найближчою й довіреною особою гетьмана, зачитати черговий лист від княжни Дольської, в якому вона писала про наміри Меншикова стати гетьманом України. Після цього Мазепа повідомив полковникам, що Меншиков прохав царя надати йому чернігівське князівство, яке він вважає першою сходинкою до гетьманської влади, а також те, що цар хоче скасувати козацьких старшин, залучити до себе всі українські міста, наславши до них своїх воєвод, вигнати всіх українців до Польщі, коли вони чинитимуть опір його планам, і навіть запропонував Україну одному англійському герцогу Мальборо. Закінчив свою промову Мазепа словами: «Боже, визволь нас від Москви!»

Отак поступово, надто обережно підводив Мазепа старшину до втаємничування у свої плани. А цар тим часом продовжував загострювати антиукраїнську політику. Він залучив на свій бік значну частину польських магнатів обіцянками відтворити польську Україну, тобто знову віддати Польщі Правобережжя. Мазепу Петро І викликав до своєї головної квартири у Жовкві на Галичині й 11 квітня на великій нараді повідомив про свій намір скасувати козацтво, перетворити його на рекрутську армію. По суті, йшлося про знищення збройних сил України.

Меншиков почав віддавати накази козацьким полковникам через голову Мазепи, який уже відверто висловив своє невдоволення «глумом, образою й приниженням», порушенням «статей», що раніше приймалися Москвою та Україною. Старшину він повідомив про плани царя знищити козацтво. Полковники та інша старшина зібралися на раду. Апостол знайшов у Печорській бібліотеці в Києві текст Гадяцької угоди Виговського з Польщею. Обоговорювали також договір Богдана Хмельницького з Москвою 1654 р.

Мазепа не брав участі в цій нараді, вважаючи, що передчасне розголошення його контактів зі шведським королем може викликати миттєву реакцію царя, котрий знищить справу, яка так довго й терпляче готувалася. Тим більше, що протягом усього гетьманування Мазепи на нього йшли доноси. Цар нехтував ними, але щось могло й залишитись в його пам'яті.

Водночас гетьман продовжував через посередників листування зі шведським королем. Нордберг, сповідник і історик Карла XII, розкриваючи зміст кореспонденцій Мазепи, зазначав, що в листі за вересень 1707 р. був прямий заклик до шведів прийти на Україну і злучитися з козацьким військом. Мазепа обіцяв шведському королю надати йому допомогу і приєднатися до нього зі своїм військом. Гетьман вважав, що на той час була найсприятливіша для реалізації його задумів військово-політична ситуація.

Як гадає видатний знавець мазепинської доби Ілько Борщак, гетьман, «що в дійсності мав амбіцію зробити Україну незалежною, вибрав для цього момент найсприятливіший. Росія конала під ударами ворожих армій, Швеція тріумфувала. Польща була в агонії. Союз із Швецією не являв жодної небезпеки для політичної свободи України». Козацькі сили були, в основному, зосереджені в Україні. Об'єднавшись з ними, 69-тисячна шведська армія набувала великої переваги над петровськими силами в 50 тисяч. До того ж армія Петра була розсіяна від Полісся до Вільна.

Але вийшло інакше. В 1707 р. Карл спрямував рух своєї армії не в Україну, а в Литву й таким чином утратив час. Цар зажадав від Мазепи відокремити від козацького війська 15 тисяч і послати їх далеко від дому, а на їхнє місце прийшли царські війська. Більшість дослідників вважає, що ця обставина поряд з іншими факторами була причиною полтавської катастрофи у 1709 р.

А поки що, 16 жовтня 1707 р., Мазепа одержав нового листа від Дольської. За повідомленням княжни, Карл XII вирушив до кордонів України, проект договору з Мазепою вже був підготовлений. І ось тоді гетьман уперше відкрив свою душу Орлику, передбачливо й розумно, з застереженнями розповів про свої плани, пояснив причини їх зміни, посилаючися на високу мету, запевняючи у своїй безкорисливості.

«Всевишнього Бога взиваю на свідка і присягаю, що я не для приватної своєї користі, не для вищих почестей, не для збагачення себе або для яких-небудь інших химер, а тільки для вас усіх, хто є під моєю владою і під регіментом стоять, для жінок і дітей ваших, ради загальною добра неньки нашої бідної України, для користі всього народа українського і Запорозького Війська, для розширення прав і військових вольностей, хочу при помочі Божій так зробити, щоб ви з жінками і дітьми нашими і рідний край з Військом Запорозьким не загинули як а московського, так і з шведського боку. Коли ж би я ради своєї вигоди так мав робити, то нехай поб'є мене на душі і на тілі Бог у Трійці Святій єдиній і невинні страсті Христові». Гетьман поцілував хрест із часточкою животворящого древа, а потім запропонував те саме зробити Орлику, який і присягнув.

Немає сумнівів, що Мазепа був щирим. У нього не було своїх дітей, тому він не міг мати династичних намірів. Був літньою людиною й розумів, що, мабуть, недовго йому залишилося царювати. Багатства він і так мав величезні. Хтось із його сучасників висловився, що Іван Мазепа був одним із найбагатших людей Європи. Хоча над гетьманством і нависнув дамоклів меч, але Петро І мав до Мазепи безмежну довіру й дуже цінував його таланти. Гетьман був кавалером найвищої царської відзнаки. Тож якби йшлося тільки про боротьбу за владу, то Мазепа не був нею обділений. Між іншим, у доносі Кочубея царю на Мазепу передавалися його слова, звернені до полковників у Києві: «Коли нині є між вами бодай один, який може врятувати Батьківщину, я передав би йому її в опіку».

Наприкінці 1707 — на початку 1708 років склалася гостра колізія, яка могла мати фатальні наслідки для задуманого Мазепою великого плану. На схилі свого віку гетьман палко закохався в дочку генерального судді Василя Кочубея — Мотрю, котра відповіла йому не менш палкою взаємністю. Мазепа мав намір одружитися з нею, однак батьки дівчини рішуче спротивилися, тим більше, що Мотря була хрещеницею гетьмана, а церква забороняла шлюби хрещеного батька з хрещеницею. Подружжя Кочубеїв мучило й катувало свою доньку. Вона покинула рідну хату і втекла до Мазепи, проте він, оберігаючи репутацію дівчини й з огляду на скандал та осуд козацької старшини, відіслав Мотрю до її батьків.

Василь Кочубей затаїв люту ненависть до Мазепи, однак призвідцем усієї інтриги була жінка генерального судді. Тричі Кочубей разом із полтавським полковником Іскрою посилав царю доноси на гетьмана, звинувачуючи його в зраді. Але Мазепа, дізнавшися про змову проти нього, випередив листа Кочубея та Іскри й просив царя провести слідство для перевірки їхніх звинувачень. Цар, який нехтував зливою доносів на Мазепу, що йшли протягом двох десятиліть, і цього разу двічі висловив гетьману своє довір'я.

Мазепа вислав великий козацький загін, щоб захопити Кочубея з Іскрою, але вони встигли перетнути кордони України й сховалися серед царського війська. До них прийшов лист від царя, де він закликав їх до Москви. Цар лицемірно писав, що хоче їх вислухати й порадитись, як перешкодити планам Мазепи. 18 квітня Кочубей із Іскрою приїхали до генеральної царської ставки у Вітебську. Цю справу цар доручив Головкіну і Шафірову. Їх, як і інше високе оточення царя, Мазепа неодноразово наділяв дорогоцінними дарунками, повторюючи «Москва гроші любить».